1. Распознать страницы в FR 
2. Сохранить OCR-проект. 
3. В подпапке data этого проекта запустить парсер, получить файл result.bookmarks 
4. Поместить его в подпапку out\ocr  проекта СК, создав его вручную.
5. В окне MW на закладке page -> кнопка special -> закладка More2 включить язык/языки распознавания  (русский или русский+английский для всех страниц) "На все страницы" команда распространяется кликом ПКМ в ячейке и выбором Apply option to all marked. 
7. Перейти в RV, кликнуть ПКМ, в опциях выбрать закладку OCR, и там задать OCR mode=FR. Либо, когда щелкаете первый раз галочку языка, удерживайте Ctrl. 
* в меню File/Options СК на закладке Misc выбрать режим "OCR Mode" = "FR".
8. В окне MW из меню запустить команду Result -> OCR Output files -> All. Отсмотреть результат распознавания в окне VR, подводя курсор к слову, и если оно распознано, то слово высвечивается жёлтым цветом. Чисто глазами убедиться что и на первой и на последней страницах текст совпадает с графикой.
9. Создаём out task. File > Create out task. Выбрать для версии 6.9 галочку "Set output format to PDF".
10. В out-task на закладке Files задаем имя выходного файла - PDF, затем имя - PDF Name :  myOCR (или имя какое придумаем) .
11. На вкладке PDF отмечаем обязательно галочку Add OCR, проверяем её автовключение.
12. Сохраняем task (не проверял есть ли автосохран).
13. Жмем уже "главную кнопку" в верхнем меню "Process!" и смотрим результат. 
PS. Есть нюанс с jpeg2000 зон в PDF: потребуется kakadu, поэтому лучше переключить на jpeg.